㈠ 滑頭鬼之孫
覺悟篇（01~08）
奴良陸生是奴良組第一代大將奴良滑瓢的孫子，從小就和奴良組的百鬼打成一片。原本立志當上妖怪首領的他，得知妖怪私下所做的壞事後放棄了夢想，轉而想當了不起的人類。然而就在九歲那年，得知青梅竹馬的朋友家長加奈搭乘校車遇上事故後，陸生受到強烈情感驅使下，首次覺醒為奴良組第三代總大將，並且率領奴良組前往搭救受困的加奈一行人。
四年後，陸生與加奈都升上了中學。由古老陰陽師家族來到浮世繪町修行的少女－花開院柚羅也轉到陸生班上就讀。此時占據一番街的鼠妖舊鼠，以加奈和柚羅的性命作要脅，要求陸生從第三代大將的位階退下。在識破舊鼠的陰謀後，陸生這才真正的覺醒，並且率眾擊敗了舊鼠一夥人。但舊鼠事件另有隱情。
牛鬼篇（09~17）
由於清十字清繼組成清十字怪奇偵探團後，要求展開外出集訓，陸生與雪女只得半自願的跟隨偵探團員，來到捩眼山的別墅展開集訓。沒想到此地是牛鬼的根據地。陸生與牛頭丸交戰後親自會晤牛鬼；後來得知牛鬼是為了組織著想後，陸生原諒了牛鬼，並請求他繼續協助奴良組。
紫鏡篇（18~20）
加奈自從六歲那年，某次放學見到一面古怪鏡子後，便屢次做著怪夢，夢中的聲音總是一再提到「13歲來接她」。13歲生日當天放學後，加奈被妖怪紫鏡糾纏上，千均一發之際被妖化陸生所救。事後妖化陸生帶領加奈來到妖怪的世界，加奈因此度過了這輩子以來最難忘的生日。
四國八十八鬼夜行篇（21~47）
身為奴良組幹部的狒狒，某天遭四國八十八鬼夜行的刺客殺害。四國八十八鬼夜行企圖增加勢力范圍，此事讓奴良組提高戒備。先是風之妖怪鞭襲擊滑瓢不成反被擊敗；袖挽大爺對清十字怪奇偵探團員夏實施加詛咒，黑田坊與陸生聯手解決此事；隨後在中學的學生會長選舉會，奴良組與犬神的戰鬥引發了騷動；被派遣至四國八十八鬼夜行調查的牛頭丸與馬頭丸，發現了隱神刑部玉章的力量來源，卻也遭受重傷。
短暫歸來休養期間，青田坊、黑田坊、無頭鬼、雪女、河童與陸生飲下妖銘酒作為效忠，雙方人馬後來在街上引起大規模的戰斗。最終玉章落敗，狒狒之子猩影渴望為父報仇時，滑瓢與隱神刑部狸（玉章之父）現身說明原委。此戰後來以和解作結尾，但作為和解條件，玉章必須為先前犧牲的妖怪舉行悼念。
邪魅篇（48~50）
清十字怪奇偵探團收到來自濱海小鎮的少女－菅沼品子的委託，由於邪魅占據了小鎮住處，因此請求清十字怪奇偵探團解決此事。陸生與雪女深入調查，卻發現了邪魅與菅沼家的關聯真相，以及當地黑幫與神社司祭聯合利用式神，嚇跑當地居民並且低價收購土地的惡劣行徑。事後邪魅加入了奴良組的百鬼夜行，與陸生共飲妖銘酒。
花開院篇（51~57）
陸生經過空地時遇上了獨自修練的柚羅，同時龍二與魔魅琉為了尋找柚羅，對留著妖怪血統的陸生出手。柚羅為了庇護陸生受傷，陸生情急下變成妖化狀態與兩人搏鬥，過後給柚羅留下盡快趕至京都的訊息。柚羅得知了陸生與雪女的真實身分，也對陸生有所改觀。
四百年前京都篇（58~66）
滑瓢憶起四百年前京都被豐臣家與妖怪占據的時期，四百年前，當滑頭鬼還不是魍魎魑魅之主時，羽衣狐化身為豐臣秀瀨之母統治著人類與妖怪的天下。當時，有一位名叫珱姬的女子出身名門，擁有特殊的能力，能夠為他人療傷。因為這個能力，珱姬被妖怪攻擊，當時保護她的花開院家把花開院秀元自己打造的退魔刀送給了珱姬。就在這時，年輕的滑瓢與陸生的祖母珱姬因緣邂逅彼此，滑瓢對珱姬一見鍾情，之後當著眾妖怪面向珱姬求婚。正在珱姬猶豫之時，為了使自己腹中之子能夠變得強壯的羽衣狐抓走了珱姬。發現珱姬被羽衣狐擄走後，滑瓢率領奴良組前往討伐羽衣狐。經過重重苦戰，奴良滑瓢在花開院家第13代陰陽師花開院秀元的協助下封印了她，但在被封印之前羽衣狐詛咒奴良家與花開院家的子孫會永遭劫難。秀元將彌彌切丸轉給滑瓢後，奴良組的妖怪離開了京都。滑瓢與珱姬結婚，生下一子奴良鯉伴（陸生之父），後來鯉伴與若菜（陸生之母）婚後生下陸生。
東北遠野修行篇（67~77）
自柚羅得知本家急需她的幫忙後，回到了京都。陸生一直對此事感到忐忑不安，因而向祖父提出想要前往京都的要求；但是滑瓢認為陸生的實力還不足以對抗京都的妖怪，短暫交手後，在某日安排手下妖怪，將陸生帶到東北遠野隱之里展開修行。陸生在鐮鼬之鑄鐸協助指導之下，以及與鬼童丸的短暫交手，陸生慢慢掌握了「畏」的發動關鍵。後來在遠野認識的妖怪們決定和奴良組合作，搭乘飛船前往京都。同一時間，羽衣狐在京都的八大封印大開殺戒，花開院從家、京都、全日本危在旦夕。
現世京都篇（78~134）
清十字怪奇偵探團來到京都的九阪神社做調查，卻遇上了妖怪襲擊。雪女與青田坊在神社與柚羅會合，並且護送清十字怪奇偵探團員至花開院本家避難，得知了羽衣狐卷土重來的真相，柚羅隨後也和花開院的其他陰陽師加入封印保衛戰。隨後奴良組眾人與京都妖怪展開空戰，導致寶船嚴重受損，奴良組在鴨川迫降。奴良組與遠野妖怪先後激戰京都妖怪，與花開院秀元以及雪女會合，卻不幸被土蜘蛛重創，連冰麗也被土蜘蛛擄走。牛鬼現身將陸生帶離現場，開始指點陸生新的技巧「業」。陸生經過努力終於學會了「業」（又稱鬼纏），解救了冰麗，並與冰麗、鴆及趕來的遠野妖怪用鬼纏和土蜘蛛決一勝負。另一方面，秀元與柚羅開始將受到解除的封印分別歸位……晴明也在陸生與羽衣狐最終之戰復活，並殺死羽衣狐，陸生也正式繼承奴良組三代目的身份。
臘月篇（135~137）
京都戰役結束四個月後，奴良組的幹部成員有了大幅的變化，牛鬼成為奴良組幹部管理員，青田坊、黑田坊、冰麗晉升為奴良組幹部。為了准備臘月慶典與收集「畏」，冰麗被派遣到曾經由母親雪麗管轄的錦鯉地區，並且在古董市的攤販手中，得到名為「大正浪漫硝子」的冰缽，被寄宿冰缽里的付喪神阿涼認做主人，還將多個冰缽里的付喪神收為己有。一開始錦鯉地區的荒川一家對冰麗表現不友善的態度，但後來因為冰麗勤奮的態度，以及為了保護人類挺身對抗瀨戶大將的勇氣，荒川一家對冰麗徹底改觀，並且在事後決定服從冰麗，阿涼等諸多冰缽付喪神也成為了冰麗的組員。臘月時節，奴良組舉辦宴席慶祝臘月，鴉天狗也帶著三名子女回到故鄉探望妻兒，新的一年也就此來臨。
百物語組篇（138~168）<目前>
某次放學後，陸生從猩影口中得知最近流傳的「小徑怪談」並介入調查，兩人還聯手殺死了引發「小徑怪談」的真凶切裂魔，卻意外得知百物語組開始侵犯奴良組領域的消息。另一方面，龍二和柚羅收到調查命令，去調查一座傳說中的「食人之村」，並且殲滅了因怪談而生的妖怪，還發現有人借機搜集百物語的異常跡象。