㈠ 滑头鬼之孙
觉悟篇（01~08）
奴良陆生是奴良组第一代大将奴良滑瓢的孙子，从小就和奴良组的百鬼打成一片。原本立志当上妖怪首领的他，得知妖怪私下所做的坏事后放弃了梦想，转而想当了不起的人类。然而就在九岁那年，得知青梅竹马的朋友家长加奈搭乘校车遇上事故后，陆生受到强烈情感驱使下，首次觉醒为奴良组第三代总大将，并且率领奴良组前往搭救受困的加奈一行人。
四年后，陆生与加奈都升上了中学。由古老阴阳师家族来到浮世绘町修行的少女－花开院柚罗也转到陆生班上就读。此时占据一番街的鼠妖旧鼠，以加奈和柚罗的性命作要胁，要求陆生从第三代大将的位阶退下。在识破旧鼠的阴谋后，陆生这才真正的觉醒，并且率众击败了旧鼠一伙人。但旧鼠事件另有隐情。
牛鬼篇（09~17）
由于清十字清继组成清十字怪奇侦探团后，要求展开外出集训，陆生与雪女只得半自愿的跟随侦探团员，来到捩眼山的别墅展开集训。没想到此地是牛鬼的根据地。陆生与牛头丸交战后亲自会晤牛鬼；后来得知牛鬼是为了组织着想后，陆生原谅了牛鬼，并请求他继续协助奴良组。
紫镜篇（18~20）
加奈自从六岁那年，某次放学见到一面古怪镜子后，便屡次做着怪梦，梦中的声音总是一再提到“13岁来接她”。13岁生日当天放学后，加奈被妖怪紫镜纠缠上，千均一发之际被妖化陆生所救。事后妖化陆生带领加奈来到妖怪的世界，加奈因此度过了这辈子以来最难忘的生日。
四国八十八鬼夜行篇（21~47）
身为奴良组干部的狒狒，某天遭四国八十八鬼夜行的刺客杀害。四国八十八鬼夜行企图增加势力范围，此事让奴良组提高戒备。先是风之妖怪鞭袭击滑瓢不成反被击败；袖挽大爷对清十字怪奇侦探团员夏实施加诅咒，黑田坊与陆生联手解决此事；随后在中学的学生会长选举会，奴良组与犬神的战斗引发了骚动；被派遣至四国八十八鬼夜行调查的牛头丸与马头丸，发现了隐神刑部玉章的力量来源，却也遭受重伤。
短暂归来休养期间，青田坊、黑田坊、无头鬼、雪女、河童与陆生饮下妖铭酒作为效忠，双方人马后来在街上引起大规模的战斗。最终玉章落败，狒狒之子猩影渴望为父报仇时，滑瓢与隐神刑部狸（玉章之父）现身说明原委。此战后来以和解作结尾，但作为和解条件，玉章必须为先前牺牲的妖怪举行悼念。
邪魅篇（48~50）
清十字怪奇侦探团收到来自滨海小镇的少女－菅沼品子的委托，由于邪魅占据了小镇住处，因此请求清十字怪奇侦探团解决此事。陆生与雪女深入调查，却发现了邪魅与菅沼家的关联真相，以及当地黑帮与神社司祭联合利用式神，吓跑当地居民并且低价收购土地的恶劣行径。事后邪魅加入了奴良组的百鬼夜行，与陆生共饮妖铭酒。
花开院篇（51~57）
陆生经过空地时遇上了独自修练的柚罗，同时龙二与魔魅琉为了寻找柚罗，对留着妖怪血统的陆生出手。柚罗为了庇护陆生受伤，陆生情急下变成妖化状态与两人搏斗，过后给柚罗留下尽快赶至京都的讯息。柚罗得知了陆生与雪女的真实身分，也对陆生有所改观。
四百年前京都篇（58~66）
滑瓢忆起四百年前京都被丰臣家与妖怪占据的时期，四百年前，当滑头鬼还不是魍魉魑魅之主时，羽衣狐化身为丰臣秀濑之母统治着人类与妖怪的天下。当时，有一位名叫珱姬的女子出身名门，拥有特殊的能力，能够为他人疗伤。因为这个能力，珱姬被妖怪攻击，当时保护她的花开院家把花开院秀元自己打造的退魔刀送给了珱姬。就在这时，年轻的滑瓢与陆生的祖母珱姬因缘邂逅彼此，滑瓢对珱姬一见钟情，之后当着众妖怪面向珱姬求婚。正在珱姬犹豫之时，为了使自己腹中之子能够变得强壮的羽衣狐抓走了珱姬。发现珱姬被羽衣狐掳走后，滑瓢率领奴良组前往讨伐羽衣狐。经过重重苦战，奴良滑瓢在花开院家第13代阴阳师花开院秀元的协助下封印了她，但在被封印之前羽衣狐诅咒奴良家与花开院家的子孙会永遭劫难。秀元将弥弥切丸转给滑瓢后，奴良组的妖怪离开了京都。滑瓢与珱姬结婚，生下一子奴良鲤伴（陆生之父），后来鲤伴与若菜（陆生之母）婚后生下陆生。
东北远野修行篇（67~77）
自柚罗得知本家急需她的帮忙后，回到了京都。陆生一直对此事感到忐忑不安，因而向祖父提出想要前往京都的要求；但是滑瓢认为陆生的实力还不足以对抗京都的妖怪，短暂交手后，在某日安排手下妖怪，将陆生带到东北远野隐之里展开修行。陆生在镰鼬之铸铎协助指导之下，以及与鬼童丸的短暂交手，陆生慢慢掌握了“畏”的发动关键。后来在远野认识的妖怪们决定和奴良组合作，搭乘飞船前往京都。同一时间，羽衣狐在京都的八大封印大开杀戒，花开院从家、京都、全日本危在旦夕。
现世京都篇（78~134）
清十字怪奇侦探团来到京都的九阪神社做调查，却遇上了妖怪袭击。雪女与青田坊在神社与柚罗会合，并且护送清十字怪奇侦探团员至花开院本家避难，得知了羽衣狐卷土重来的真相，柚罗随后也和花开院的其他阴阳师加入封印保卫战。随后奴良组众人与京都妖怪展开空战，导致宝船严重受损，奴良组在鸭川迫降。奴良组与远野妖怪先后激战京都妖怪，与花开院秀元以及雪女会合，却不幸被土蜘蛛重创，连冰丽也被土蜘蛛掳走。牛鬼现身将陆生带离现场，开始指点陆生新的技巧“业”。陆生经过努力终于学会了“业”（又称鬼缠），解救了冰丽，并与冰丽、鸩及赶来的远野妖怪用鬼缠和土蜘蛛决一胜负。另一方面，秀元与柚罗开始将受到解除的封印分别归位……晴明也在陆生与羽衣狐最终之战复活，并杀死羽衣狐，陆生也正式继承奴良组三代目的身份。
腊月篇（135~137）
京都战役结束四个月后，奴良组的干部成员有了大幅的变化，牛鬼成为奴良组干部管理员，青田坊、黑田坊、冰丽晋升为奴良组干部。为了准备腊月庆典与收集“畏”，冰丽被派遣到曾经由母亲雪丽管辖的锦鲤地区，并且在古董市的摊贩手中，得到名为“大正浪漫硝子”的冰钵，被寄宿冰钵里的付丧神阿凉认做主人，还将多个冰钵里的付丧神收为己有。一开始锦鲤地区的荒川一家对冰丽表现不友善的态度，但后来因为冰丽勤奋的态度，以及为了保护人类挺身对抗濑户大将的勇气，荒川一家对冰丽彻底改观，并且在事后决定服从冰丽，阿凉等诸多冰钵付丧神也成为了冰丽的组员。腊月时节，奴良组举办宴席庆祝腊月，鸦天狗也带着三名子女回到故乡探望妻儿，新的一年也就此来临。
百物语组篇（138~168）<目前>
某次放学后，陆生从猩影口中得知最近流传的“小径怪谈”并介入调查，两人还联手杀死了引发“小径怪谈”的真凶切裂魔，却意外得知百物语组开始侵犯奴良组领域的消息。另一方面，龙二和柚罗收到调查命令，去调查一座传说中的“食人之村”，并且歼灭了因怪谈而生的妖怪，还发现有人借机搜集百物语的异常迹象。