① 《太极旗飘扬》片中的韩国军队到底是和哪个国家的军队打仗
先说一点点历史，20世纪初日本占领了朝鲜半岛，一直到了二战结束日本才被赶出朝鲜半岛。而日本人走后在朝鲜半岛却出现了两个政府，一个是苏联支持的朝鲜，一个是美国支持的韩国。
1950年，也就是电影《太极旗飘扬》开始的那一年，朝鲜开始扩张。此时韩国军队的对手是朝鲜人民军。韩国军队节节败退，当韩国只剩下最后几个城市的时候，美国以联合国的名义参战，这个时候韩国多了个盟军——联合国军队（美国为主），对手依然是朝鲜人民军。
有了美国的加入，韩国开始反攻，朝鲜开始败退，朝鲜一路退到了鸭绿江（中国与朝鲜的边界）附近。当朝鲜快被灭亡的时候，中国以抗美援朝的名义加入战争。此时双方阵营一边是韩国与其盟军（以美国为主的联合国军），一边是朝鲜人民军和中国抗美援朝志愿军。在电影《太极旗飘扬》中我们也可以看到中国志愿军的身影，中国志愿军以排山倒海之势向韩国和联合国军进攻。对战双方最后在三八线（韩国与朝鲜的交界）停火。
至于你问的为什么片中的朝鲜军队大仗老是输，我想你应该是想问韩国军队为什么老是输吧！下面有个视频朝鲜人民军建军75周年阅兵式你可以看一下，朝鲜军是一个很有组织，纪律，具有很强攻击力的军队。
http://v.youku.com/v_show/id_XNDUxNTkyMDA=.html
② 电影建国大业里，有个人说“长江不是三八线”，是不是错了当时有朝鲜、韩国的区别吗
是的。两国已经不同。战后，苏联和美国以北纬38度线为界划分受降区，美、苏两国在自己的受降区内扶持各自的势力。苏联扶持以金日成为首的朝鲜劳动党势力；而美国则和中国一起把远在中国的大韩民国临时政府空降到了朝鲜南方。1948年，南北双方相继建立政权，南方称大韩民国，北方称为朝鲜民主主义共和国，从此，朝鲜南北正式分裂。之后在1950年，北方政权发动了统一战争，但是在美国的干涉下，北方失败并几乎失去所领土。
而当时中国鉴于战略上的考量，决定出兵朝鲜。中国军队迅速把美军为首的联合国军从鸭绿江边赶到了38线以南，进入到了汉江流域，并进占了汉城（现在韩国首都）。但是由于各方面的原因，中国军队无力进一步向南进军，而且经过休整后的美军接连击败了中国军队，把中国军队赶回到了38线以北，而美军也无力继续北进。于是交战双方胶着在了38线附近。于是双方在38线上的板门店进行了谈判。从1951年7月到1853年7月，两年的时间里，交战双方打打谈谈，最终签订了《朝鲜停战协定》，战争结束。1958年，中国军完全撤出了北朝鲜，但是美国军队仍然驻扎在南朝鲜（韩国）境内，到现在仍然没有撤走。